CSNS工程是中国科学院和广东省人民政府共同向国家申请的合作项目，因此中国科学院和广东省人民政府以及国家相关部门已于2009年正式成立了工程领导小组、工程指挥部（点击查看名单）和工程经理部。工程领导小组和工程指挥部是CSNS工程的领导机构，由中国科学院、广东省和相关国家部门领导、相关部门负责人、建设单位负责人组成。工程领导小组组长由中国科学院和广东省主要领导担任，工程指挥部总指挥由建设单位法人代表担任。由于CSNS工程项目工程量大、涉及面广，为确保实时和高效的领导，工程具体工作由CSNS工程经理部负责。根据国家的要求和国际惯例，CSNS工程也组建了科技委员会和国际顾问委员会（点击查看名单）。
    CSNS装置建成后还将成立CSNS工程国家实验室以及相应的学术机构。CSNS工程国家实验室将负责CSNS工程的运行和开放、升级改造等工作。CSNS工程是用户装置，由用户代表组成的用户委员会将在适当的时候成立，以便用户能够尽早参与CSNS工程建设，更好地发挥CSNS工程的功能。
    CSNS工程领导小组每年至少开一次会议，就CSNS工程设计和建设过程中的一些重大问题讨论并做出决定。CSNS工程科技委员会和用户委员会是咨询组织，每年至少各召开一次会议，就学科方向、重大课题立项、重要实验设施建设等向工程领导小组提供决策参考意见。工程指挥部根据工程需要召开会议。为确保对工程实时和高效的领导，工程具体工作由CSNS工程经理部负责，工程经理部每周召开例会。
                    
                           散裂中子源工程建设组织结构框图